Organizacija FET-a  sadrži sljedeća dva elementa:

• Upravljački sustav (slika 1.) i
• Organizacijsku strukturu (slika 2.).

FET-om upravlja Fakultetsko vijeće i Dekan. Fakultetsko vijeće se sastoji od svih nastavnika FET-a sa znanstveno nastavnim zvanjem, od predstavnika nastavnika sa nastavničkim zvanjem, od predstavnika nastavnika sa suradničkim zvanjem te od predstavnika studenata. Ono svoju upravljačku funkciju obavlja donošenjem akata na sjednicama, koje se u pravilu sazivaju jednom mjesečno.

Dekan svoju upravljačku funkciju obavlja uz pomoć: Dekanskog kolegija, šefova katedri, te većeg broja ustrojenih odbora.  Dekanski kolegij ima 4 člana: dekana i tri prodekana (prodekan za nastavu djelatnost, prodekan za znanstveno istraživačku djelatnost i međunarodnu suradnju, prodekan za poslovne odnose i financije). Sastanci Dekanskog kolegija se organiziraju najmanje jednom tjedno te po potrebi i češće. Kada je potrebno razmotriti određena pitanja od većeg značaja ili se želi saznati prevladavajuće mišljenje pojedinih katedri o nekoj posebnoj temi, Dekan saziva sastanak sa šefovima katedri. Ovi se sastanci organiziraju po potrebi, a najmanje dva puta godišnje. Rješavanje posebnih zadataka Dekan delegira posebno ustrojenim odborima. Oni donose godišnji plan aktivnosti te se sastaju najmanje tri puta u semestru odnosno šest puta godišnje. U ovom trenutku na FET-u je ustrojeno 6 odbora, i to:

• Odbor za nastavu
• Odbor za poslijediplomske studije i znanstveno istraživački rad
• Odbor za upravljanje kvalitetom
• Odbor za međunarodnu suradnju
• Odbor za marketing
• Odbor za razvoj informacijsko-komunikacijskog sustava i upravljanje web sadržajima.

Slika 1. Sustav upravljanja Fakultetom ekonomije i turizma „Dr. Mijo Mirković“ (stanje na dan 1. srpnja 2016.)

Organizacijsku strukturu FET-a čini 16 organizacijskih jedinica. To su:

• Dekanat FET-a: ured Dekana/ice, ured prodekana, ured administrativnog tajništva Fakulteta, Skriptarnica;
• deset katedri: Katedra za ekonomske teorije; Katedra za nacionalnu i međunarodnu ekonomiju; Katedra za financije; Katedra za računovodstvo; Katedra za marketing; Katedra za menadžment; Katedra za organizaciju, poduzetništvo i pravo; Katedra za turizam; Katedra za matematiku, statistiku i informatiku; Katedra za strane jezike;
• tri centra: Centar za empirijska društvena istraživanja – CASTER; Centar za europska istraživanja – CEIPU; Centar za razvoj karijera - CRK;
• Studentski poduzetnički inkubator – SPIN, koji u svom sastavu ima 3 jedinice;
• Knjižnica FET-a.

Katedre su osnovne organizacijske jedinice FET-a. Objedinjuju srodne nastavne predmete iz znanstvenih polja ili grana. Članovi katedre su nastavnici i suradnici izabrani u znanstvenom polju ili grani na koju se katedra odnosi.

Slika 2. Organizacijska struktura Fakulteta ekonomije i turizma „Dr. Mijo Mirković“ (stanje na dan 30. rujna 2014.)

Za obavljanje svoje djelatnosti FET koristi usluge Infrastrukturnih službi Sveučilišta te surađuje s Uredima koji su ustrojeni pri Rektoratu Sveučilišta. Infrastrukturne službe Sveučilišta Jurja Dobrile u Puli jesu: Služba za studente i ISVU, Informatička služba, Služba za pravne i kadrovske poslove, Služba za računovodstveno financijske poslove, Služba za opće poslove i nabavu. Uredi pri Rektoratu Sveučilišta Jurja Dobrile u Puli jesu: Ured Rektora, Ured za kvalitetu, Ured za međunarodnu suradnju, Ured za znanost i istraživanje, Ured za priznavanje inozemnih visokoškolskih kvalifikacija, Ured za internu kontrolu.